Сам я сталкивался с этой проблемой не один раз и каждый раз решал ее по-разному, с точки зрения высокого искусства, писанина мне моя абсолютно не нравилась, код работал правильно, но некрасиво.

Если хранить в БД иерархическую структуру, то есть дерево, то после запроса к таблице мы получим выборку данных в виде двумерного массива и наша задача сводится к тому, чтобы распечатать этот массив в виде дерева. Есть несколько моделей для хранения вложенных множеств Adjacency List самая простая, Nested Set и другие гибридные варианты. Все эти модели без исключения содержат 2 основных поля ID уникальный идентификатор элемента и parentID идентификатор элемента родительского узла. Впрочем нам больше ничего не понадобится.
Разабьем задачу на 2 этапа :
Первый — преобразование двумерного массива исходных данных в многомерный иерархический массив, второй этап — распечатывание многомерного массива ну здесь ничего сложного нет используя рекурсию делается это элементарно, а вот с первой частью возникает проблема. Итак имеем такую структуру данных на входе

$data = array(
	array('id' => 1,  'parentId' => 3, 'name' => 'первый'),
	array('id' => 3,  'parentId' => 0, 'name' => 'третий'),
	array('id' => 7,  'parentId' => 3, 'name' => 'седьмой'),
	array('id' => 9,  'parentId' => 3, 'name' => 'девятый'),
	array('id' => 12, 'parentId' => 0, 'name' => '№ 12'),
	array('id' => 24, 'parentId' => 7, 'name' => '№ 24'),
	array('id' => 25, 'parentId' => 1, 'name' => '№ 25'),
	array('id' => 46, 'parentId' => 7, 'name' => '№ 46'),
	array('id' => 5,  'parentId' => 7, 'name' => '№ 5'),
	array('id' => 4,  'parentId' => 5, 'name' => '№ 4'),
	array('id' => 13,  'parentId' => 0, 'name' => '№ 13'),
	array('id' => 14,  'parentId' => 0, 'name' => '№ 14'),
);

Пишем функцию structuring которая собственно и будет делать основную работу, разворачивать двумерную структуру в древоподобный массив. И первое что нам надо сделать это отсортировать исходные данные по полю parentId в порядке убывания если этого не сделать алгоритм будет работать неправильно. Обычно способ сортировки задается в SQL запросе но мы предполагаем, что такой возможности нет. C помощью пользавательской функции sortParent2 и usort() сортируем массив по родителям, и по id если родители одинаковые.

function sortParent2($a,$b){
    if($a['parentId'] == $b['parentId']) {
        return ($a['id'] < $b['id'])? -1:1;
    } else return ($a['parentId'] < $b['parentId'])? 1:-1;
}

function  structuring($data){
	usort($data, 'sortParent2'); //сортировка по parentID
// корреляция ключей масиива
	while (list ($key, $val) = each ($data)) {
      $artmp[$val['id']] = $val;
   	}
	unset($data);
   	reset($artmp);
	$i = 0;
	while (list ($key, $val) = each ($artmp)) {
		$value = $artmp[$key];
 		$id = $value['id'];
 		$parentID = $value['parentId'];
 		if ( $parentID != 0 ) {
		 	$artmp[$parentID]['subCat'][] = &$artmp[$key];
		 	$i++;
		} else {
			break ;
		}
   	}
	return array_splice ($artmp, $i);
}

Проходим по новому массиву $artmp и если елемент имеет родителя то есть выполняется условие (parentId != 0), то мы создаем у родительского элемента массив-подкатегорию subCat и добавляем в него ссылку на текущий элемент, обратите внимание что добавляется не сам элемент а именно ссылка на него — это и есть ключевой момент алгоритма. Мы как бы рисуем новое дерево прямо по старой двумерной структуре не разрушая ее. По ходу фиксируем счетчик $i++; И только когда дерево полностью прорисовнно вглубину с помощью сылочных связей, удаляем лишние элементы, если parentId = 0 цикл завершается т.к. дальше идут элементы 0 уровня без родителей
И последнее действие вырезаем все ненужное с помощью array_splice оставляем только элементы первого уровеня.
Теперь мы имеем структуру в виде дерева.
Ну и привожу весь код целиком, включая 2 варианта распечатки с помощью вычисляемого отступа, и как стрктуру UL-LI тегов.

$data = array(
array('id' => 5,  'parentId' => 7, 'name' => '№ 5'),
array('id' => 4,  'parentId' => 5, 'name' => '№ 4'),
array('id' => 13,  'parentId' => 0, 'name' => '№ 13'),
array('id' => 14,  'parentId' => 0, 'name' => '№ 14'),
array('id' => 1,  'parentId' => 3, 'name' => 'первый'),
array('id' => 3,  'parentId' => 0, 'name' => 'третий'),
array('id' => 7,  'parentId' => 3, 'name' => 'седьмой'),
array('id' => 9,  'parentId' => 3, 'name' => 'девятый'),
array('id' => 12, 'parentId' => 0, 'name' => '№ 12'),
array('id' => 24, 'parentId' => 7, 'name' => '№ 24'),
array('id' => 25, 'parentId' => 1, 'name' => '№ 25'),
array('id' => 46, 'parentId' => 7, 'name' => '№ 46'),

);

echo '
'; print_r( $data ); echo '
';

function sortParent2($a,$b){

    if($a['parentId'] == $b['parentId']) {

        return ($a['id'] < $b['id'])? -1:1;

    } else return ($a['parentId'] < $b['parentId'])? 1:-1;

}
function  structuring($data){

	usort($data, 'sortParent2');
	while (list ($key, $val) = each ($data)) {

      $artmp[$val['id']] = $val;

   	}

   	echo '
'; print_r( $artmp ); echo '
‘;

	unset($data);

   	reset($artmp);

	$i = 0;

	while (list ($key, $val) = each ($artmp)) {

		$value = $artmp[$key];

 		$id = $value['id'];

 		$parentID = $value['parentId'];

 		if ( $parentID != 0 ) {

		 	$artmp[$parentID]['subCat'][] = &$artmp[$key];

		 	$i++;

		} else {

			break ;

		}

   	}
	return array_splice ($artmp, $i);
}
$tree = structuring($data);
function printData($data, $_level = 0){

	$tab = str_repeat(‘ | ’,$_level);

	foreach ($data as $value) {

 		$st .= $tab.$value['id'].’:’.$value['name'].’
‘;

		if( isset( $value['subCat'] ) ) {

			$st .= printData($value['subCat'], $_level+1);

		}

 	}

 	return $st;

}
function printDataUl($data, $_level = 0){

	foreach ($data as $value) {

 		$st .= ‘
‘.$tab.$value['id'].’:’.$value['name'];

		if( isset( $value['subCat'] ) ) {

			$st .= printDataUl($value['subCat'], $_level+1);

		}

		$st .= ‘
‘;

 	}

 	$st = ‘
‘.$st.’
‘;

	return $st;

}
//echo printData($tree);

echo printDataUl($tree);

echo ‘
'; print_r( $tree ); echo '
‘;

Обсуждение на сайте: